c 2002 года
Читайте, смотрите, слушайте!

НАШИ В НОВОЙ ЗЕЛАНДИИ. МАТЕМАТИК В БИОЛОГИИ

Поделиться в facebook
Поделиться в twitter
Поделиться в vk
Поделиться в google
Поделиться в linkedin
Поделиться в email

Не так давно и, как часто теперь бывает благодаря Фэйсбуку, увидела информацию о том, что ученый из Академгородка и выпускник Новосибирского государственного университета, получил солидный, причем уже второй, Грант от правительства Новой Зеландии на исследования, связанные с вычислительной онкологией. Было приятно вдвойне! Не просто наш ученый, но еще и из Городка! Как же не пообщаться?! Какое-то время ушло на его поиск и получение согласия дать интервью «Нашей Гавани», на выбор способов общения (он живет и работает в Данидине) и всякие другие согласования… И вот, наконец¸ интервью состоялось. Знакомьтесь, Александр Гаврюшкин (АГ). Беседовала с ним Римма Шкрабина (РШ). Готовясь к интервью, я, конечно, прочла информацию об Александре и о его исследованиях, читала интервью с ним, опубликованные в российских и новозеландских СМИ. Повторяться в вопросах при разговоре с ним не хотелось, но в некоторые его ответы вставляла то, о чем он рассказывал раньше.
РШ. Всегда интересно понять, как появляется цепочка, соединяющая Россию и Новую Зеландию. Стараемся у героев наших интервью обязательно об этом спросить. Тем более, когда эта цепочка-дорожка берет начало в Академгородке и в нашем родном университете. Пожалуй, с этого и начнем…
АГ. Ну, началось все достаточно просто. После окончания мехмата университета (я математик) и защиты кандидатской диссертации меня пригласили в два университета в США на непродолжительную совместную работу. Там я занимался исследованиями, участвовал в семинарах, делал доклады… И вот на одном из семинаров в Cornell University я познакомился с профессором из Оклендского университета, известным математиком, который занимался исследованиями в той же области, что и я, и который меня пригласил поработать в его лаборатории в Новой Зеландии. (РШ. Как потом выяснилось, это был Бахадыр Хусаинов, о котором мы рассказывали в нашей книге «Новая Зеландия говорит по-русски», 2012). Я с удовольствием согласился, и вот в начале 2012 года мы оказались в Окленде. Появилось много интересных возможностей применения моих знаний в разных прикладных сферах. Так, я увлекся математической генетикой и биологией, в частности, – филогенетикой (область биологической систематики, которая занимается выявлением и прояснением эволюционных взаимоотношений организмов). Этот раздел науки предоставляет информацию особенно важную в области эволюции, экологии, инфектологии и, с недавних пор, онкологии…. А применение новых вычислительных методов и математической статистики делает возможным получение информации из огромных массивов данных, имеющихся в современной молекулярной биологии. Пока я работал в Оклендском университете, мне предложили должность научного сотрудника Лаборатории вычислительной биологии в Высшей Технической Школе Цюриха (ETH Zurich), и я улетел в Швейцарию. Будучи там, я получил грант Правительства Новой Зеландии (Rutherford Discovery Fellowship) для поддержки учёных. Этот Грант часто используется для того, чтобы возвращать новозеландских ученых в страну. Я оказался одним из десяти его получателей – меня признали своим… Я вернулся в Новую Зеландию, на эти деньги в университете Отаго в Данидине (University of Otago) создал лабораторию вычислительной биологии, в которой мы занимаемся математическими, вычислительными и статистическими методами анализа молекулярных данных людей с онкологическими заболеваниями. (РШ. как пояснил Александр в одном из ранних интервью российским СМИ, «Я математик, поэтому рак, вирусы и прочие биомедицинские приложения – не основное направление работы моей лаборатории, но математические, вычислительные и статистические методы, которые мы разрабатываем, имеют огромный потенциал, в том числе и для раковых исследований).
РШ. Получается, что нынешний грант от новозеландского правительства – это уже вторая ваша победа, которая позволяет вам продолжить исследования в своей лаборатории в Otago University. Расскажите, пожалуйста, нашим читателям, на какие исследования вы его получили.
АГ. Мы получили деньги на Проект «Вычислительная платформа для филогенетического анализа соматической эволюции» («Computational platform for phylogenetic analysis of somatic evolution»). Этот грант выделил нам Endeavour Fund – один из самых больших научных фондов в Новой Зеландии. Максимальный размер гранта в разделе Research Programmes фактически не ограничен. Фонд нацелен на финансирование прорывных идей, в том числе и в фундаментальной науке, которые могут оказать значительное влияние на экономику страны в будущем. На данный момент мы уже создали proof of concept — математическую модель и ее компьютерную реализацию для реконструкции соматической эволюции раковых клеток. Предварительные результаты показывают, что наш метод имеет хороший потенциал для создания приложения, способного помогать онкологам точнее определять стадию рака, время и место инициализации заболевания, историю появления и развития метастаз, их количество. Это проект с большим риском и большим потенциалом – как раз такой, какие MBIE Endeavour Smart Ideas и финансируют. В рамках этого проекта мы сможем быстро проверить наши идеи на их жизнеспособность.
РШ. Такие интересные исследования да еще в такой важной для людей сфере! Не сомневаюсь, результаты будут успешными или, по крайней мере, обнадеживающими. Известно, что в научных исследованиях вообще, и в такой области, в частности, вообще нет понятия законченности работы – чем больше узнаешь, тем больше появляется вопросов… Вот и хочется спросить: а оставаться в Новой Зеландии не планируете для продолжения научной работы? И вообще – какие планы на близкое и отдаленное будущее?
АГ. Новая Зеландия — это уже давно место моего постоянного места жительства и работы. В обозримом будущем я не планирую никуда переезжать, но я и перед переездом сюда никуда переезжать не планировал… У меня много заграничных командировок, включая продолжительные, на разные симпозиумы, семинары и т.д… Например, в Швейцарии я был больше года, в прошлом году работал в Германии в Институте Макса Планка несколько месяцев. К сожалению, в Новосибирск мы уже не возвращались, вернее, ездим туда только в гости, а живем в Новой Зеландии. Сейчас я расширяю свою лабораторию – набираю команду для этого нового и очень важного трёхлетнего проекта. Помимо этого гранта мы недавно получили ещё один мега-грант, рассчитанный на 7 лет. Начали искать сотрудников и для него. Ведь в перспективе – продолжение огромного пласта исследований в разных областях вычислительной геномики. Это работы на стыке математики, компьютерных науки и геномики, разработки математических методов и алгоритмов для анализа биологических данных. И не только в онкологии – поскольку наши математические модели можно будет применять и к другим эволюционным процессам. Хотя, конечно, перспективы, как и у любого фундаментального исследования, очень сложно предсказать. Как я сказал, этот проект с большим риском, но если все, что мы планируем, удастся, то выгоды, в частности, для онкологии, будут огромными. Что можно сейчас сказать точно – люди, похоже, в нас верят больше, чем мы сами в себя. Когда я представлял проект перед тем, как подать его в Министерство бизнеса, нами уже тогда интересовались инвесторы, которые сейчас рассматривают потенциал проекта с коммерческой точки зрения. Для меня же лично – это совершенно потрясающая возможность проверить чрезвычайно смелую идею и разобраться немного лучше в том, какие математические и алгоритмические проблемы возникают при попытках ответа на фундаментальные биологические вопросы, которые в современном мире невозможны без анализа огромных массивов молекулярных данных. Сейчас мы активно ищем молодых ученых, способных и готовых работать в лаборатории над междисциплинарными проектами.
РШ. Напоследок – как на ваш взгляд можно оценить и сравнить систему образования в нашем, Новосибирском, университете и в Университете Отаго, атмосферу научных лабораторий в Академгородке и здесь… И немножко о семье, если не возражаете.
АГ. Мне кажется, что тот подход, который до сих пор используется в России в ведущих университетах – дать глубокое образование, начиная специализацию с первого курса, прошел испытание временем. В мире сейчас складывается тенденция давать мультидисциплинарное образование, часто очень широкого спектра, например, математика с молекулярной биологией. Как мне кажется, Новая Зеландия начинает тоже адаптировать это нововведение, хотя и медленнее чем Швейцария или США. Здесь все чаще меняют университетские программы в пользу более общих и универсальных знаний, которые должны получить выпускники, хотя есть значительные сложности из-за традиционного разделения университетов, например, на медицинские и немедицинские науки. Но успехи есть. Уже сейчас можно встретить выпускников, которые, например, хорошо знают математику и понимают основы молекулярной биологии. … Моя жена – тоже математик. Мы вместе защищали диссертации в Академгородке. Но у нее есть еще одна научная степень (PhD in Computer Science), полученная уже здесь, в Новой Зеландии. Она тоже работала в ETH Zurich. Область ее научных интересов во многом перекликается с моей. Но вот удивительно, совместных публикаций у нас с ней пока нет. Я думаю сейчас, когда мегапроекты с большим количеством занятых в них учёных становятся реальностью, у нас появится такая возможность. У нас растут две дочери. Хотелось бы больше времени уделять им. Но это, к сожалению, не всегда получается, хотя мы очень стараемся…
РШ. Спасибо, Александр, за очень интересное интервью! И вообще за то, что нашли время для него в своем плотном рабочем графике. Мы с интересом будем отслеживать публикации, рассказывающие о ваших успехах!
Материалы об Александре Гаврюшкине, которые были опубликованы ранее, интересующиеся могут найти по этим ссылкам: https://news.ngs.ru/more/51530331;
http://www.sib-science.info/ru/news/vypusknik-matematik-16102019;
http://novosibirsk.bezformata.com/listnews/vipusknik-ngu-poluchil-grant/78538434/

Фото пресс-службы НГУ